Taqman assay
- taqman probe는 5’end에 형광물질인 reporter가
3’end에 quencher가 결합되어 있는 구조를 가짐
- SYBR green 방식보다 정확도가
더 높은 장점을 가지며, probe 가격이 비싸다는
단점을 가짐
- 병해충 진단에 주로 많이 사용되며,
MGB modification을 통해 SNP genotyping에도
많이 사용됨
Taqman 프로브를 이용한
다중진단법 개발 (예시)
식물바이러스 3종에 대한
multiplex-qRT detection kit
- 유전체 분석(생물정보분석)을 통한
specific region 선발과 종 특이적 마커 선발
- 타겟 생물 종에 대한 특이적인
프라이머, 프로브 디자인
- Multiplex 기반의 동시분석법 적용으로
1 tube최대 4개 target 검출 가능
- 성능 평가 및 실시료 테스트
PNA assay
- 구조적으로 Taqman probe와 동일하지만
nucleotide 대신에 구조적으로 유사한
PNA가 사용됨
- PNA-DNA의 결합력이 우수하며, Tm을 통해
SNP 구분 능력이 우수함.
또한 물리적 안정성이 매우 우수함
- Melting curve 분석이 가능하여 병해충
진단 및 SNP genotyping에 많이 사용됨
PNA 프로브를 이용한
Melting analysis assay 개발 (예시)
식물세균병 2T종에 대한
진단 및 지노타입핑 키트
- 생물정보분석으로 확인된
SNP 분자진단마커 확인
- SNP를 이용한 특이적 프로브 디자인
- 1bp SNP를 이용한 Melting analysis assay로
melting peak T.m 차이 확인
- 원자재에 대한 PCR 최적화
- Multiplex 기반의 동시분석법으로 최대 4개의
SNP 검출 확인이 가능하여 비용 절감 효과 기대
KASP assay
- Competitive allele-specific PCR 원리를 이용하며,
형광 Dye가 allele-specific primer가 아닌 master mix에
labeling되어 있어 프라이머 제작 비용이 매우 저렴함
- 특정 병해충 진단 보다 바코딩 구분 마커 세트에
대한 SNP genotyping에 장점을 가짐
- 다양한 분야에서 품종 구분 마커,
원산지 구분 마커 등에 많이 사용됨
KASP assay를 이용한
SNP genotyping 분석 (예시)
- GBS(Genotyping-by-Sequencing)
분석을 통해 선발된 다양한 SNP 마커 세트에
대한 검증 및 지노타입핑 키트 개발에 주로 사용됨.
- SNP genotyping를 위한
allele-specific primer가 사용됨
- KASP assay에는 두개의 tube가 제공됨
(KASP Assay Mix와 KASP Master Mix)
- Assay Mix에는 label되어있지 않은
두개의 allelic specific forward prime가
들어 있으며, Master Mix에는
FRET cassette(FAM, HEX)이 포함되어 있음
